Los primeros pobladores de la actual honduras han habitado el territorio hondureño desde hace más de once mil años, las cinco sociedades principales en el territorio de lo que es ahora Honduras son los mayas (y sus descendientes directos, los chortís), los pech, los tawahkas, los lencas, los tolupanes, tenían estrechas relaciones con el área mesoamericana.Ruinas de Copán.El sitio arqueológico conocido más antiguo de Honduras es la Cueva de Gigante en el departamento de La Paz. Fue descubierto por George Hasemann. La cueva tiene una larga secuencia de ocupación, desde 11.500 años antes de la era común y tiene buena preservación. Los arqueólogos han encontrado mazorcas de maíz domesticado en contextos precerámicos.
Aunque hay indicios por presencia de polen de maíz en columnas de los sedimentos en el lago de Yojoa cerca del 2400 a.C. que debe indicar que la gente ya vivían en pueblos, los primeros pueblos en Honduras con cerámica empiezan alrededor del 1600 a. C., en el valle de Copán (en Sepulturas), y cerca de San Pedro Sula en el sitio de Puerto Escondido, en Los Naranjos en el lago de Yojoa, y probablemente en Yarumela también. Un poco más tarde, la gente de la Cueva de Talgua, que se habitó alrededor del 1000 a. C.La parte occidental de Honduras era parte de la civilización maya. En particular, las ruinas de Copán, cerca de la frontera con Guatemala, son muy impresionantes. Alrededor de Copán, por unas decenas de kilómetros, había otros sitios mayas, como El Paraíso y Río Amarillo, con inscripciones y esculturas mayas. La cultura maya prosperó entre el año 250 a.c. hasta el 1200 pero después del 892 se dejó de escribir.
La mayor parte de Honduras fue poblada por gente civilizada no maya. Es bien difícil saber quiénes fueron porque sus idiomas no fueron preservados en escritura como los Mayas pero deberían incluir a los antecedentes de los Lencas, los Torupanes, los Toqueguas, los Miskitos, los Payas, los Sumos, los Matagalpeños, y otros conocidos desde la temporada de la conquista española.
Se encuentra ruinas precolombinas por todo el país. Algunos sitios arqueológicos se cambiaron en parques y monumentos nacionales, como Currusté, Los Naranjos, Copán, Cerro Palenque, Cuevas de Talgua, pero la mayor parte de los sitios precolombinos están en terrenos privados. Todos pertenecen al patrimonio nacional y es prohibido dañarlos.
Además de los museos en Copán, hay museos con artefactos precolombinos en el Museo Nacional (de Tegucigalpa), en el Museo de Comayagua, y en el Museo de Antropología e Historia (de San Pedro Sula).
La llegada de Cristóbal Colón a la bahía de Trujillo en 1502 marca el fin de la época precolombina.
